Variantes estructurales del genoma humano: lecciones de la hemofilia. Análisis de los mecanismos de origen, caracterización de rupturas y bioinformática de las secuencias implicadas.

La hemofilia A (HA) y B (B) son coagulopatías ligadas al cromosoma X recesivas, cuya máxima severidad clínica es causadas en gran porcentaje por variantes estructurales (SV) que causan HA severa, como la inversión del intrón 22 (Inv22), del intrón 1 (Inv1) (40-50%) o grandes deleciones del F8 (8-15%), y las asociadas a HB severa, como las grandes deleciones del F9 (3-10%). La amplificación específica de los puntos de ruptura de las SV permite la caracterización detallada de las secuencias vecinas potencialmente involucradas en el evento original. Entre las SVs, las grandes deleciones del F8 y F9, asociadas a hemofilia severa, pueden detectarse por ausencia consistente de señales de amplificación específicas en los varones hemicigotas. Esta identificación primaria en hemicigosis permite abordar la delimitación de las rupturas 5’ y 3’ usando STS de amplificación localizados y la caracterización de las junturas por amplificación gap-PCR y secuenciación de Sanger. Estos casos aportan a una muy escasa colección de rearreglos genómicos caracterizados y analizados en la literatura. La caracterización de los puntos de ruptura y en el genoma de referencia, identificando motivos estimuladores de recombinación (generadores de rupturas de simple y doble cadena) y el análisis bioinformático/estadístico incluyendo hipótesis nulas para evaluar su probabilidad, permiten en definitiva estimar los mecanismos involucrados en el evento que originó cada SV individual. Entre los mecanismos que han sido asociados al origen de las SV en humanos, y los causales de hemofilia reportados por nosotros y otros, están los asociados a replicación del DNA, Micro-homology mediated break induced repair (MMBIR) y fork stalling and template switching (FoSTeS) y los asociados a meiosis, non homologous end joining (NHEJ) y non allelic homologous recombination (NAHR) mediada por duplicones. Asimismo, en este tópico se incluye el análisis Inv22, su mecanismo de origen, su compleja nomenclatura HGVS y la genotipificación de todos sus tipos (1 y 2) y variantes (1v y 2v) y todos los rearreglos mediados por los duplicones int22h, como las duplicaciones (Dup22) y las deleciones (Del22), que abarca una región de 0.5 Mb en Xq28 con más de seis genes de importancia médica además del F8.