Genotipado masivo de variantes estructurales por análisis de secuencias en cis yuxtapuestas en los círculos de restricción. Selección física de regiones blanco y desarrollo de nuevos algoritmos ad hoc.

En el Lab-GMH fueron desarrollados numerosos abordajes de análisis genómico. Entre ellas, en 2004 se diseñó, desarrolló y validó el método de análisis de la Inv22 por inverse shifting-PCR (IS-PCR) actualmente de elección en la mayoría de los laboratorios de hemofilia del mundo. Este abordaje de IS-PCR fue optimizado experimentalmente y extendido en su aplicación para abarcar también el Genotipado de la Inv1 y toda la complejidad de rearreglos asociados a int22h (i.e., Inv22 tipo 1 y 2, y variantes, Del22 y Dup22). Con el mismo principio de amplificación específica desde los extremos de un fragmento de restricción circularizado, extendiendo los límites hasta marcadores genéticos de alta informatividad (e.g., STRs, SNPs, RFLPs) hemos desarrollado la técnica PI (phasing by inverse-PCR) que permite determinar la fase haplotípica en cis, de estos marcadores alejados 1-30 kb entre sí. Entre otras potenciales aplicaciones en genética humana y genética evolutiva, esta metodología ha abierto nuevas perspectivas para el diagnóstico prenatal y preimplantacional de las grandes inversiones del F8 mediante el uso de marcadores polimórficos subrogados obtenidos directamente por la técnica PI, evitando la necesidad de elaborar un estudio de ligamiento en la familia.

Actualmente, el principio de análisis de círculos de restricción para parear secuencias distantes de la misma molécula está siendo implementado acoplado a secuenciación masiva paralela (MPS) con el objetivo clave de aportar información de larga distancia adicional para el genotipado masivo de variantes estructurales (SV) (e.g., grandes deleciones, duplicaciones e inversiones) sean mediadas por NAHR entre duplicones o no. Los desafíos experimentales que se plantean son la optimización de los procedimientos de circularización y captura específica mediante sondas padlock, y el desarrollo de los algoritmos bioinformáticos necesarios para elaborar el genotipado de SVs incorporando la información de las secuencias pares terminales de las lecturas MPS que contienen un sitio de restricción. Los estudios piloto están centrados en el estudio de las inversiones del F8, en particular la elusiva Inv22.